SqlServerBackupsフォルダのファイルは削除できますか？

削除しても大丈夫です。

SQLServerBackupsフォルダにあるファイルは削除しても大丈夫です。

SQLServerBackupsフォルダはどのような目的のフォルダですか？

このフォルダはOnTimeをアップグレードする際にSQLの関連する4つのデータベースのバックアップファイルです。
SQL Server Management Studioを利用して復元できます。

OnTimeはなぜこのフォルダにSQLのバックアップだけを作成するのですか？

OnTimeはJavaを動作するためのTomcatとデータストアのSQLの主に二つのシステムで動作しています。
Javaが動作するTomcatはアップグレードの度に新しいフォルダで新しいTomcatで動作し始めます。
SQLだけはそのまま継続して利用します。なのでアップグレードの際にスキーマ変更などを行う場合があるので念のため復元できるようにバックアップを行います。
ダウングレードのためだけでなくサーバーの引っ越しの場合などに利用できます。

SQLServerBackupsフォルダの場所や名前は変更できますか？

変更できます。
OnTimeをアップグレードする際に現行のフォルダでよいかフォルダを変更するかを聞かれます。
変更する場合はこのタイミングで変更してください。このアップグレードから新しく指定したフォルダにバックアップを作成します。
古いフォルダやファイルは手動で削除や移動を行ってください。
アップグレード作業については以下のリンクを参照ください。
https://admin-microsoft.ontimesuite.jp/2023/10/97/#index_id9